Die Veröffentlichungen der Gesellschaft werden mittlerweile in dreizehn wissenschaftlichen Reihen publiziert. Auch Themen zur jüdischen Geschichte wurden immer wieder aufgenommen, so mehrere Biographien in den Fränkischen Lebensbildern wie etwa zu Meir ben Baruch, Rabbi von Rothenburg (verstorben 1293, FL III, 35–49).

Das bislang umfangreichste Werk ist einem spektakulären Fund im Januar 1987 in Würzburg zu verdanken: Beim Abriß eines Hauses in der Pleich wurden 1455 mittelalterliche jüdische Grabsteine gefunden – ein weltweit einzigartiges Zeugnis der jüdischen Geschichte des Mittelalters.
Die Grabmale stammen aus den Jahren 1147 bis 1346. Sie verdeutlichen die Bedeutung Würzburgs als renommierten und international wahrgenommenen Standort einer führenden jüdischen Gemeinde, als einen der europäischen Mittelpunkte des „Talmud Tora“. Karlheinz Müller und Simon Schwarzfuchs edierten „Die Grabsteine vom Jüdischen Friedhof in Würzburg aus der Zeit vor dem Schwarzen Tod (1147-1346)“ in drei Bänden. Das Werk behandelt „die größte Hinterlassenschaft aus einem mittelalterlichen Judenfriedhof weltweit“, auf 2500 Seiten und mit 1800 Bildern mit deutscher und neuhebräischer Kommentierung.

Waren das späte Mittelalter und 12 Jahre des 20. Jahrhunderts schreckliche Zeiten für die jüdischen Minderheit bis zu ihrer weitgehenden Ausrottung, so gab es doch immer wieder und überwiegend Zeiten eines friedlichen Zusammenlebens mit der Mehrheitsgesellschaft. Auch diese waren nicht frei von Ausgrenzung und Diskriminierung, aber Christen und Juden waren im Wirtschaftsleben vielfach aufeinander angewiesen. Hier setzt die Dissertation von Gabi Rudolf an, welche die frühneuzeitliche Geschichte zwischen etwa 1630 und 1780 der jüdischen Erwerbstätigkeiten im ritterschaftlichen Markt Thüngen und in der hochstiftisch-würzburgischen Amtsstadt Arnstein im Vergleich vorstellt. Die bevorzugten Berufe waren Viehhändler, Warenhändler, Fleischhändler und Kleinkreditgeber. Durch die Auswertung einer beeindruckenden Fülle von Quellen gelingt es ihr, Faktoren für den wirtschaftlichen Handlungsraum der jüdischen Bevölkerung auszumachen: Agrarstruktur, historische Ereignisse, Schutzverhältnis zu christlichen Obrigkeiten, das hinsichtlich der Steuerabgaben wie der verbrieften Freiheiten flexibel gehandhabt werden konnte, individuelle Voraussetzungen wie Kapital, immaterielle Voraussetzungen wie die Zugehörigkeit zu einer Familie und einem Verwandtschaftsnetz, Mobilität, hohes Bildungsbewußtsein und Beziehungsgeflecht zur Mehrheitsgesellschaft.

Als Untersuchungsobjekte für ihre mikroperspektivische Vergleichsstudie hat Frau Dr. Rudolf zwei für die territoriale Vielfalt Frankens charakteristische Orte ausgewählt, einen ritterschaftlichen Markt- und Residenzort und eine Amtsstadt des Hochstifts Würzburg, die beide über ansehnliche jüdische Gemeinden verfügten. Mit beiden Herrschaftsträgern hat sich die Gesellschaft für fränkische Geschichte in einer Fülle ihrer Publikationen auseinandergesetzt, schon weil sie mit dem Bistum Würzburg wie der reichsfreiherrlichen Familie von Thüngen von Anfang an eng verbunden ist. Die familiengeschichtlichen Arbeiten von Rudolf Freiherrn von Thüngen, der dem Ausschuß unserer Gesellschaft angehörte, sind in unserer Reihe der Darstellungen aus der fränkischen Geschichte erschienen, in den Fränkischen Lebensbildern fanden bislang die Biographien von sechs Familienangehörigen Aufnahme, im Jahr 2019 haben wir Fürstbischof Konrad von Thüngen zum 500. Jahrestag seiner Wahl ein großes Colloquium auf der Festung Marienberg in Würzburg gewidmet. Die Untersuchungen, die sich mit den Bischöfen und Hochstift Würzburg beschäftigen, können hier nicht aufgezählt werden.